益生菌特殊制程从菌种的保存、活化、发酵、干燥等步骤及各阶段的温度控制、营样补给、PH控管皆花费很时间的研究，才能得到益生菌最佳的发酵制程而能维持高活菌量。益生菌为肠道重要的有益菌，只有活菌才能定殖于肠道中，而拥有高活性才能大量繁殖，以打败其他有害菌或侍机菌，成为优势菌。
每种菌的功能不一，各种菌株各有其优缺点，若想要有特别功效，可能需要个别去查询不同种益生菌的效果，但是人体组成复杂，又益生菌是口服经过层层关卡才到肠道，因此变数也很多，每个人的体质和状况可能都会影响到益生菌的效果。
市售各种含乳酸菌补给品、食物，可能不具功效，甚至于对人体可能无益。事实上，要通过严谨的研究与多种实验，证实该菌株能够耐胃酸及胆盐测试，并能定殖在该器官，才能达到防护效果。
除了大众熟悉的肠道菌种之外，还有专属女性的阴道益生菌，该特殊菌种可以定殖在阴道子宫颈的上皮细胞或泌尿道。当特殊健康的菌株益生菌丛扩散到阴道和泌尿道时，同时可以发挥驱逐坏菌的作用，达到预防及治疗女性泌尿生殖相关并发症，如细菌性阴道炎、念珠菌性阴道炎、泌尿道感染达到预防感染的效果。