1. 目前治疗以抗生素抗菌疗法为首选方法，首先按常见病原菌给予敏感抗生素。
2. 治疗前行尿培养，然后根据药敏结果及时调整用药。
3. 尽可能选择尿液或靶器官中浓度高的抗生素。
4. 疗程要足够。抗菌药物的使用要持续到症状消失、尿培养转阴后2周。
5. 避免滥用抗生素，特别是避免使用肾毒性药物。
6. 必须同时消除诱发因素。若存在尿路畸形或功能异常者，应予以矫正或做相应处理。
7. 加强机体免疫功能。
8. 慢性尿路感染治疗周期为4～8周，急性肾盂肾炎治疗周期为2～4周，急性膀胱炎周期为3天疗法（即抗生素连服三天），治疗周期内应连续用药，不能中断，必须要在尿液分析检查正常后方可停药。