蛋白质二级结构是指多肽链主链原子的局部空间排布，不包括侧链的构象。它主要有α－螺旋、β－折叠、β－转角和无规卷曲四种。两条以上肽链或一条肽链内的若干肽段平行排列，通过链间羰基氧和亚氨基氢形成氢键，维持β－折叠构象的稳定。
1. α-右手螺旋类型：
α-螺旋为右手螺旋，每一圈含有3.6个aa残基（或肽平面），每一圈高5.4?。即每一个aa残基上升1.5?，旋转了100度，直径为5?，2个二面角（ф，ψ）＝（-570，-480）。
2. β-折叠类型：
肽链在空间的走向为锯齿折叠状，二面角（ф，ψ）＝（-119℃，+113℃）。维持β-折叠的力量是折叠间的氢键；它产生于一个肽平面的C=O，与相邻肽链的在空间上邻近的另一个肽平面的N-H之间；两条肽链上的肽平面互相平行，有平行式和反平行式两种。