尼罗河自南向北注入地中海。白尼罗河和青尼罗河汇合后称为尼罗河，属下游河段，长约3000公里。尼罗河穿过撒哈拉沙漠，在开罗以北进入河口三角洲，在三角洲上分成东、西两支注入地中海。
在喀土穆有青尼罗河汇入，此后的河段称尼罗河。喀土穆至阿斯旺流程约1850公里，落差约290米，两岸为沙漠地区，其间主要支擅是阿特巴拉河。由阿斯旺至开罗流程约900公里，落差很小。从开罗下游20公里处开始，尼罗河进入三角洲地带，面积约2.2~2.4万平方公里，河汊及湖泊密布，最大的汊河是杜姆亚特河及赖希德河，每条河长均在200公里左右。