芽孢和孢子的区别主要体现在有无繁殖能力，孢子是繁殖细胞，是用来繁殖新个体的，芽孢是细菌在恶劣环境下形成的休眠体，一个细菌产生一个芽孢，条件适宜时，重新成为一个细菌，数量没有增加，因此芽孢不是细菌的繁殖体，不能繁殖。
芽孢是一种细菌结构，抗逆性很强，在不良情况下有芽孢的细菌绝大部分可以存活，但新陈代谢极慢，这时候不能进行分裂生殖，但没有该结构的却没那么幸运，当情况改良时，芽孢又可以消失，细菌有可以进行较旺盛的新陈代谢进而分裂生殖，因为芽孢的抗逆性强，因而灭菌经常要重复多次，以保证在不良情况下出现芽孢的细菌在正常情况下消失，再次灭菌从而将其杀死。
孢子是脱离亲本后能直接或间接发育成新个体的生殖细胞。它是有丝分裂或减数分裂的产物，多数为单倍体，少数为二倍体。孢子一般为单细胞，也可能是多细胞的繁殖体。由于它的性状不同，发生过程和结构各有差异差异，形成了孢子的多样性。