若尔盖花湖海拔2400米至4200米，平均海拔3500米。若尔盖宛如一块镶嵌在川西北边界上瑰丽夺目的绿宝石，是我国三大湿地之一。北部和东南部山地系秦岭西部迭山余脉和岷山北部尾端，境内山高谷深，地势陡峭。
若尔盖县境内地形复杂，黄河与长江流域的分水岭将全县划分为两个截然不同的地理单元和自然经济区。中西部和南部为典型丘状高原，占全县总面积69%，地势由南向北倾斜。若尔盖县主要河流有白龙江、包座河和巴西河，另有嘎曲、墨曲和热曲，从南往北汇入黄河。
若尔盖县属高原寒温带湿润季风气候，常年无夏。年平均气温1.1℃，年降水量648.5毫米。无绝对无霜期。降雨多集中于5月下旬至7月中旬，年降雨量656.8毫米。年均相对湿度69%。每年9月下旬土地开始冻结，5月中旬完全解冻，冻土最深达72厘米。
若尔盖县木材资源丰富，植物127科1162种，主要有冷杉、云杉、油松、高山柏、桦木等林木资源，有紫果云杉等珍贵林木。药用植物有121科1094种，盛产贝母、虫草、秦芫、羌活、大黄、鹿茸、雪莲花等名贵中药材。