喀纳斯湖、阿克库勒湖、乌伦古湖、吉力湖、艾比湖、赛里木湖、巴里坤湖、柴窝堡湖、天山天池、玛纳斯湖、博斯腾湖、艾丁湖、阿牙库克木湖、阿其克库勒湖、鲸鱼湖、依协克帕提湖、卡拉库里湖、阿克赛钦湖。
1. 喀纳斯湖，位于阿尔泰山内部的布尔津县境内，面积44.87平方公里。最大湖深188米，是我国内陆最深的湖泊。海拔1370米。为淡水湖。
2. 阿克库勒湖，又称白湖，位于喀纳斯湖上游，面积8.5平方公里。海拔1954米。湖水呈乳白半透明状，为淡水湖。
3. 乌伦古湖，又名布伦托海、大海子（相邻的吉力湖则称小海子）、福海，位于中国新疆阿勒泰地区福海县境内，海拔468米。面积751平方千米，为咸水湖。
4. 吉力湖，位于福海县境内，乌伦古湖上游，海拔500米左右。面积165平方千米，为淡水湖。
5. 艾比湖，位于精河县城以北35公里处，为咸水湖，海拔189米。面积500平方千米。