天然水晶是在自然条件下形成的，生长在地壳深处，通常都要经历火山和地震等剧烈的地壳运动才能形成。天然水晶属于矿产资源，非常稀有和珍贵，属于宝石之一。
多是在地底下、岩洞中，需要有丰富的地下水来源，地下水又多含有饱和的二氧化硅，同时此中的压力约需在大气压力下的二倍至三倍左右，温度则需在550－600℃间，再给予适当时间，水晶就会依着三方晶系的自然法则，而结晶成六方柱状的水晶了。
水晶因像纯净的水一样透明亮洁而得名。有的人以为水晶是生在水里的，许多神话故事也把龙王在海底居住的宫殿称为“水晶宫”。
实际上，天然水晶不是生在水里，而专是生于山上的岩洞中。水晶晶体是在岩石空洞中长出来的。水晶在成长过程中，一定要有足够的空间，同时必须以洞壁为属依托，因此人们所见到的天然水晶晶体往往是上半截长得很好，而下半截的晶体却不完整。