黄色皮蛋和黑色皮蛋的主要区别在于制作工艺。皮蛋内大部分呈黑色或深褐色，小部分呈黄色或浅红色者为优质蛋。若大部分呈黄褐色透明体，则为未成熟松花蛋。
皮蛋分为两种：一种是黄色皮蛋；一种是黑色皮蛋。皮蛋的颜色与其配料有关，黄色皮蛋和黑色皮蛋的区别在于制作用的黄丹粉、茶叶、生石灰、纯碱、食盐、木碳灰、松柏枝的配比不同。黄色的皮蛋多为鸡蛋制成，蛋清和蛋黄配料较少，放置时间短，称为“变蛋”。而黑色的皮蛋多为鸭蛋制成，蛋清和蛋黄配料较重，放置时间长，配料中添加了松枝柏枝，称为“松花蛋”。两种皮蛋都没有任何问题，可以放心食用。