全国卫生城市三年复审一次，申报城市经认真自查，认为各项指标均已达到《国家卫生城市标准》的要求，由该市爱卫会向省、自治区爱卫会提出书面申请，省、自治区爱卫会本着实事求是的原则，在调研的基础上，对其进行严格考核认可后，向全国爱卫会推荐。
全国爱卫会接到省、自治区、直辖市爱卫会的推荐或申请报告后，由全国爱卫会办公室组织有关专家对申报材料进行审核，并根据审核结果适时组织调研和暗访。调研和暗访的目的是掌握情况，复核申报材料，并帮助申报城市做好改进、提高工作。因此，调研和暗访次数可能是一次或是若干次。
全国爱卫办对于切实具备考核条件的申报城市，将在调研和暗访的三个月后进行考核鉴定。考核鉴定包括资料考核（听取全市创建工作汇报，查阅各种有关文件、技术资料等）和现场考核。现场考核在所有城区范围内进行，采取明查与暗访相结合的方式，随机抽查，所查场所、单位、居民区的数量应足以反映整体情况。