1. 产权：小产权房没有在房管部门备案，土地属于该农村的集体所有者，居住者只能拥有部分产权，而商品房受国家以及相关法律认可，购买者拥有全部产权。
2. 贷款：小产权房没有产权，银行不会向小产权房的持有者发放购房贷款或抵押贷款，而商品房在购买人有能力的情况下，几乎所有的银行都可以为其办理贷款。
3. 交易：集体土地不得出让、转让或者出租用于非农业建设，小产权房是不能上市交易的，而商品房可以转手交易，满二唯一、满五唯一的商品房交易还可以免征部分税费。
4. 补偿：小产权房购房后如果遇到国家征地拆迁，购房人并非合法的产权人，难以得到拆迁补偿，而商品房的业主就可以获得拆迁补偿。
5. 质量：小产权房多为自建自造，没有严格的进行安全质量检查，而商品房竣工后需要经房地产开发主管部门验收合格后才能交付使用，相对于小产权房建筑质量要求会更高。