经济适用房申请程序如下：
1. 申请人持着本人及配偶身份证、户口本还有结婚证向户口所在地的房管局提出申请，办理经济适用住房的申购登记手续，然后领取申请审批表。
2. 申请人应如实填写申请审批表的内容并备齐所需的材料，然后向工作单位及主管部门办理收入和住房的证明，若无工作单位的可向居委会跟街道办事处去办理证明。在以上这些手续之后，报到区房管局审核了之后，再由区房管局再上报市房管局进行复核。对于申请人的住房情况的核实则由市房地产档案馆来出具证明。
3. 市房管局按照规定对申请人的申请材料进行复审以及评分之后，便在相关的网站上进行公示，时长为15天。
4. 市房管局根据其评分情况，按照批次来批准购房的申请，然后对经批准的同一批次申请人通过公开摇号的方式，来确定选房顺序。
5. 申请人持批准的《经济适用住房申请审批表》和选房顺序号，到住房的开发建设单位办理选房与购房的手续。