商业用地建厂房有房产证，办理规定如下：
1. 现有房屋改造过程中不得擅自预售和销售，更不得擅自收取预售款，违者依法查处。
2. 对已取得房屋权证书和土地使用权证书的工业用地，方案经批准后原权利人方可按相关规定进行改造，若其改造后用途与原房屋和土地用途相一致的。按改造方案改造后的房屋方可销售，其房屋用途仍按原用途管理。
3. 对已经取得房屋权证书和土地使用权证的工业用地，若其改造用途与原房屋和土地用途不一致的，应由原权利人提交变更后的规划、土地、建设、工程质量合格证明及房屋面积测绘报告，办理相应的用途变更手续后，方能对外销售。
4. 对未办理房屋权证书的现有房屋对外销售的问题，要严格执行国家有关房屋销售的管理办法，及有关规定，严肃查处房屋交易中的违法违规行为，并采取多种形式，做好对外宣传工作。