苍蝇的天敌可分为捕食性天敌、寄生天敌、微生物天敌。
1. 捕食性天敌：包括青蛙、蜻蜓、蜘蛛、螳螂、蚂蚁、蜥蜴、壁虎、食虫虻和鸟类等。鸡粪是家蝇和厩蝇的滋生地，但其中常存在生性凶残的巨螯螨和蠼螋，会捕食粪类小的蝇卵和蝇蛆。
2. 寄生天敌：如姬蜂、小蜂等寄生蜂类，它们往往将卵产在蝇蛆或蛹体内，孵出幼虫后便取食蝇蛆和蝇蛹。有人发现，在春季挖出的麻蝇蛹体内，60.4％被寄生蜂侵害而夭亡。
3. 微生物天敌：日本学者发现森田芽孢杆菌可以抑制苍蝇滋生，中国学者也发现“蝇单枝虫真菌”孢子如落到苍蝇身上，会使苍蝇感染单枝虫真菌。
苍蝇的食性非常复杂，属于杂食性蝇类，可以取食各种物质，如人的食物、人和畜禽的分泌物和排泄物、厨房残渣和其他垃圾以及植物的液汁等。家蝇饱食之后，间隔很短时间（几分钟），即可排粪。由于吐泻、排粪频繁，失水较多，又促使其频繁取食，因而苍蝇在孳生物质上边吃、边吐、边排，造成严重污染。在畜禽场里，饲料及饮水器具常被其污染。