因为秦孝公死后，商鞅失去靠山，以前得罪过太子，现在太子即位，害怕遭到报复，所以逃去魏国。
公元前338年，秦孝公去世，太子驷即位，即秦惠王。 公子虔等人告发商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。商鞅想到魏国去，但魏国因他曾生擒公子卬，拒绝他入境。
商鞅回秦后被迫潜回封邑商，发动邑兵攻打郑县（今陕西省华县）。秦惠文君派兵攻打，结果商鞅失败战亡。 其尸身被带回咸阳，处以车裂后示众。秦惠文君同时下令诛灭商鞅全族。商鞅虽然被害，但新法并未被废除。