在冰箱中可保存24小时，保鲜膜封住，放进保鲜冰箱里，大约保鲜期为1-2天。成熟度在六成以上：如果吃不完就煮糖水或煲骨头汤放冰箱可放三天；成熟度在五成以下：用保鲜袋套好，放在冰箱也可放三天，此外也可以刨成片或丝放一些糖醋做成酸料保存。
药用木瓜鲜果中含有较多的单宁和有机酸，糖含量相对较低，使其口感酸涩，不宜生食。但其果实营养丰富，富含维生素。木瓜中酸类成分包括苹果酸、枸橼酸、酒石酸等，这些有机酸都具有纯正的酸味，经过适当稀释并辅以一定的甜味剂如蔗糖或蜂蜜后，可制成风味独特的产品。
木瓜还由于树姿优美，花簇集中，花量大，花色美，常被作为观赏树种，还可做嫁接海棠的砧木，或作为盆景在庭院或园林中栽培，具有城市绿化和园林造景功能。