双孢菇采后经挑选分级，用清水冲洗干净，为防止菇色发黄或变褐，可放入0.01%焦亚硫酸钠水溶液中漂洗3～5分钟。迅速用冷水对菇体进行预冷处理，尽快降至0～3℃。沥干水分，装于通气的塑料框中，放入温度0～3℃、相对湿度90%～95%的冷库中贮藏，注意通风换气。此法可保鲜8～10天。
双孢菇经漂洗分级后，沥干水分，冷却后每1千克分装于0.025毫米的塑料袋内，可自动调整袋内气体组分，使氧气含量为1%左右，二氧化碳含量为2%～5%，此时，菇体生长受到抑制，开伞少，菇色洁白。此法室温下可保鲜7天。如时间过长，袋内二氧化碳含量过高，会影响菇的风味，可在塑料袋上扎6～8个针眼大的孔，以促进气体交换。