神经系统对微波有较高的灵敏度，人体在反复接触低强度的电磁辐射后，会使中枢神经系统的机能发生变化，出现神经衰弱等症状，其主要表现为头昏、嗜睡、无力、易疲劳、记忆力衰退和脑电图慢波增多等；对心血管系统的影响。
在微波作用下，常发生血液动力学失调，血管通透性改变，心电图变化等现象，长期受微波作用者的血压均降低，有时也有增高；对眼的影响。
人眼的晶体很容易遭受电磁辐射的照射，由于其内部血流量少，所以在电磁波辐射下温度极易升高。
高强度的电磁波辐射还可伤害角膜、虹膜和前房，可造成视力减退，或完全丧失；对生殖系统的影响。
从卫生学调查表明，长期从事微波作业，男性可出现阳萎、性机能减退，女性出现月经紊乱，高强度的微波辐射还可能造成怀孕妇女的流产。
此外，微波辐射还可能导致机体糖代谢紊乱，妇女分泌机能下降等。