内质网和高尔基体只是对核糖体合成的蛋白质进行加工修饰，所以只有核糖体合成蛋白质。
核糖体被人们称作蛋白质的装配机器。核糖体分两种，一种是游离核糖体，另一种是内质网上的核糖体。游离核糖体合成细胞内蛋白质，而内质网上的核糖体合成分泌性蛋白质。所以蛋白质的合成场所是核糖体，而内质网上由于附有核糖体和所需的酶，所以可以进行蛋白质的合成及后期加工。蛋白质在核糖体上合成后，进入内质网腔，要经过一些加工如折叠、组装、加上一些糖基团等，才能成为较成熟的蛋白质。然后这些蛋白质被转移到高尔基体腔内，做进一步加工，整个过程中由线粒体供能，最终形成成熟的蛋白质。