综合所得的个人所得税的计算方式是这样的：首先扣除收入额减费用，标准是每月五千一年六万，除此之外还要减去各项专项扣除等，这一步计算出应纳税所得额；其次，应纳税所得额计算应纳税额要采用超额累进的方式去计算；最后，按照个人所得税法所附的表格，根据不同的收入水平，采用对应的税率去计算即可得到需要缴纳的税额。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第三条 个人所得税的税率： （一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）； （二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）； （三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。