苦丝瓜中含有毒物质葫芦素，需食用达到一定的剂量或食用较强的毒素才会出现相关症状，如果少量食用苦丝瓜，对于肠胃功能较好、抵抗力较强的人来说可能没什么危害，但若是吃多了苦丝瓜可能会在半小时至数小时内会出现中毒症状，中毒较轻的会出现口干、头昏、恶心、乏力、嗜睡的症状；严重的话会呕吐、腹绞痛、腹泻水便带脓血，甚至威胁生命。
而且有很多文献研究和新闻，都曾报道过吃苦丝瓜、苦瓠子而中毒的案例，目前已知的葫芦素有20多种，毒性有强有弱，其中葫芦素C、D、E、I均有致死的案例，在各种葫芦素中，最可怕的是苦瓠子中含有的葫芦素D，毒性最强。