在户籍所在地的出入境管理处办理。
办理流程：
新办：
首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请。申请材料有：
1. 居民身份证及复印件以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张，同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
2. 办理时限：自受理之日起10个工作日。
3. 费用：《往来港澳通行证》每本80元；一次往来签注，每个15元，二次往来签注，每个30元。
续签：
1. 本人凭身份证及有效的《往来港澳通行证》办理，也可代办，代办人需携带身份证。不同城市对加签可能有特殊规定，具体咨询户籍所在地出入境管理处。
2. 办理时限：自受理之日起7个工作日。
3. 费用：一次往来签注每个20元；二次往来签注每个30元。