可以入住旅店。
根据《中华人民共和国户口登记条例》等法律法规有关规定，入住宾馆、酒店、旅店、招待所、民宿以及可供住宿的其他经营性服务场所，可持往来港澳通行证作为有效身份证件，办理住宿登记。
通行证分为个人旅游、团队旅游、探亲、商务、其他、逗留等种类。
港澳通行证办理流程
首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。
只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
【办理时限】自受理之日起10个工作日。不含邮递日（一般在五天左右）以及节假日。
【费用】《往来港澳通行证》每本80元；一次往来签注，每个15元，二次往来签注，每个30元。