所属、形状、用途均不同。
1. 所属科目不同：
草寇别名：海南山姜、小草蔻、土砂仁、假砂仁。姜科、山姜属植物，为姜科植物艳山姜的果实。
肉蔻为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、木兰目。别名：肉果、玉果、迦拘勒、豆蔻、顶头肉等。
2. 形状不同：
草寇叶片带形，长22-50厘米，宽2-4厘米，顶端渐尖并有一旋卷的尾状尖头，基部渐狭，两面均无毛;无柄或因叶片基部渐狭而成一假柄。
肉蔻叶互生，革质，长椭圆形，先端锐尖，全缘，叶面暗绿色。总状花序，腋生，花单性，异株，花冠黄白色。果实梨形，淡黄色或橙黄色，成熟时纵裂成两瓣，露出绯红色的假种皮，称为“豆蔻瓣”，内含种子1枚，称“肉豆蔻”。
3. 用途不同：
草寇有开胃等作用，也常用做调料。
肉蔻常做草药，对呕吐，食积腹痛有一定疗效。