细胞核不是细胞器，因为细胞器属于细胞质的一部分。细胞质与细胞核是并列的结构层次，所以细胞核不是细胞器。
细胞核的主要构造为核膜，是一种将细胞核完全包覆的双层膜，可使膜内物质与细胞质、以及具有细胞骨架功能的网状结构核纤层分隔开来。由于多数分子无法直接穿透核膜，因此需要核孔作为物质的进出通道。
这些孔洞可让小分子与离子自由通透；而如蛋白质般较大的分子，则需要载体蛋白的帮助才能通过。核运输是细胞中最重要的功能；基因表现与染色体的保存，皆有赖于核孔上所进行的输送作用。
细胞器一般认为是散布在细胞质内具有一定形态和功能的微结构或微器官。但对于“细胞器”这一名词的范围，还存在着某些不同意见。细胞中的细胞器主要有：线粒体、内质网、中心体、叶绿体，高尔基体、核糖体等。它们组成了细胞的基本结构，使细胞能正常的工作，运转。