专业型和学术型研究生的培养方向、学习内容、学习费用和导师制度都有不同。学硕的课程设置侧重于加强基础理论的学习，重点培养学生从事科学研究创新工作的能力和素质。专业学位课程设置以实际应用为导向，以职业需求为目标。教学内容强调理论性与应用性课程的有机结合，突出案例分析和实践研究。
学术型研究生主要是培养学术研究人才，主要重视做理论与科学研究；而专硕培养在某一专业(或职业)领域具有坚实的基础理论和宽广的专业知识，具有较强的解决实际问题的能力，具有良好职业素养的高层次应用型专门人才。总体来说，学硕重理论，专硕重实践，主要适用于企业型人才。
学术型硕士研究生的收费标准为8000元/学年，不同专业有所不同。专业硕士学费按照不同专业类别差别较大。有的学校每年2万，有的学校每年十几万，不同的专业学费有所不同。但是总体来看专硕的学费要比学硕的贵。
学硕一般只有一个导师，专硕会实行双师制。专硕在校内的一个老师是指导学生的理论，在校外实习期间还有一个导师指导实践。