最好是呈黄棕色或淡褐色，因为品质好的巴旦木颜色非常自然，呈黄棕色或淡褐色，和核桃壳的颜色差不多，这种颜色代表其采摘时间不长，新鲜自然。而外壳呈现出黄褐色或深褐色的巴旦木，很有可能放置了很长时间，已经不新鲜甚至发生了变质，在挑选时要避免这种颜色。
还有一种情况是颜色焦黄或亮黄的巴旦木，这种是由于它的外壳会裹着一层透亮的盐衣，显得光亮十足，但是一般这种是盐加太多。
还可以通过内部果仁的颜色来挑选最好的，一般果仁内部与果壳外部颜色均匀一致，就说明是没有经过染色和脱色。而果仁果壳颜色不一致，出现一深一浅的情况，那很有可能是染过色或脱过色。