协议出让和招拍挂的区别是：
1. 适用范围不同（土地类别）。
《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》明确了招标拍卖挂牌的范围，即：商业、旅游、娱乐和住宅等各类经营性用地，必须以招标、拍卖或者挂牌方式出让。除此之外的其他类型用地（主要有：工业、仓储、或其他重点扶持的项目用地）可以协议方式出让。在政策执行概念上可以这样理解：挂牌出让为土地出让的一般方式，协议出让是土地出让的特殊方式。
2. 土地使用权出让金定价方式不同。
协议出让是政府与土地使用者协商定价的，而挂牌出让则是社会公开竞价。
3. 土地出让最低价的限定原则不同。
协议出让土地的最低价不得低于土地有偿使用费、征地成本以及按照国家规定应当缴纳的有关费用之和，有基准地价的，不得低于基准地价的70%；挂牌出让的土地其起拍价就是最低价，这个起拍价是根据土地估价结果和政府产业政策等条件综合评定的。