根据《经济适用房管理管理办法》的规定，购买经济适用房不满5年的，首先遵照夫妻协议约定，夫妻对经济适用房没有达成约定的，由于无法估计房产的价值，因此也就无法确定补偿的数额。在此种情况下，对购买不满5年的经济适用房不予分割，等到取得完全产权时，再行分割。
满五年的，有约定的按约定，没有约定的，按照届时同地段普通商品住房与经济适用住房差价的一定比例向政府交纳土地收益等相关价款以后，取得该房完全产权。再由评估机构按照市场价评估该房的价值，按照夫妻共同财产分割的原则分割此经济适用房。取得产权的一方对另一方给予相应的房屋价值补偿。