使用中最常见的副作用是胃肠道反应，例如腹痛，腹部不适，肠胃气胀，水样大便，软便或直肠疼痛，牙齿疾病，牙龈疾病等。 通常，这些胃肠道反应是轻度和短暂的，并且大多数在治疗早期出现。
奥利司他胶囊具有减少体内脂肪含量，降低体重的作用，一定程度上可以减少与肥胖相关的危险因素的发生率。奥利司他胶囊主要通过抑制胃肠道脂肪酶的活性，使脂肪酶无法发挥作用，因此，进入体内的脂肪有一部分无法被分解吸收，直接被排除体外，从而达到降低体重的目的。但是要想减肥，单纯依靠药物的作用还不行，还需要低脂饮食的配合，并且还要多运动。