有呼吸作用，但是不能完全等同于其分解作用。微生物的呼吸作用只能在细胞内进行，而微生物的分解作用还可以在细胞外进行，如微生物酶分泌到细胞外，对细胞外的营养物质进行消化，然后吸收微生物所需的营养。
呼吸作用
生物的生命活动都需要消耗能量，这些能量来自生物体内糖类、脂类和蛋白质等有机物的氧化分解。生物体内有机物在细胞内经过一系列的氧化分解，最终生成二氧化碳、水或其他产物，并且释放出能量的总过程，叫做呼吸作用（又叫生物氧化）。
呼吸作用，是生物体细胞把有机物氧化分解并产生能量的化学过程，又称为细胞呼吸。无论是否自养，细胞内完成生命活动所需的能量，都是来自呼吸作用。真核细胞中，线粒体是与呼吸作用最有关联的胞器，呼吸作用的几个关键性步骤都在其中进行。
呼吸作用是一种酶促氧化反应。虽名为氧化反应，不论有无氧气参与，都可称作呼吸作用（这是因为在化学上，有电子转移的反应过程，皆可称为氧化还原反应）。有氧气参与时的呼吸作用，称之为有氧呼吸；没氧气参与的反应，则称为无氧呼吸。