快捷方式和程序文件的区别是：快捷方式只是程序文件的快捷按钮，程序文件是实实在在的安装软件。如果删除快捷方式程序文件还可以使用，但删除程序文件的话对应的快捷方式则无法使用。
一般来说快捷方式就是一种用于快速启动程序的命令行。它和程序既有区别又有联系。打个简单的比方，如果把程序比作一台电视机的话，快捷方式就像是一只遥控板。通过遥控板我们可以轻松快捷地控制电视的开关、频道的选择等。当快捷方式配合实际安装的程序时，非常便利。删除了快捷方式我们还可以通过“我的电脑”去找到目标程序，去运行它。而当程序被删除后，光有一个快捷方式就会毫无用处。自己桌面上的快捷方式复制到别人的计算机上，一般无法正常使用。
程序是为完成某项活动所规定的方法；描述程序的文件称为程序文件。文件控制程序是对公司质量管理体系所要求的文件的编写、评审、批准、发放、使用、更改、再次批准、标识、回收和作废等过程进行控制，以确保公司各部门和工作场所使用现行有效的文件和资料(即适用版本)，防止使用作废的文件，达到保持公司质量管理体系运行的符合性。