蜥蜴类动物身体一般分为头、颈、躯干、尾4个部分。身体表皮为革质鳞，有些种类在鳞下还有小骨板，如石龙子、蛇蜥等。蜥蜴类动物牙齿细小，舌的形状、长短随品种而异。眼睛较发达，有些种类还有颅顶眼，除多数壁虎外眼睑多能运动，穴居类型的眼睛多隐于皮下。其耳，鼓膜多显露，鼓膜发达。左右下颔骨以骨缝相联合，因此，口不能张开过大。多数蜥蜴有四肢，但有的只有前肢或后肢，指、趾末端有爪。有胸骨。
蜥蜴的种类繁多，形态特征有较大差异。常见的蜥蜴种类中，金蛇全长16-22cm，尾巴细长，占身体的2/3。草蜥躯干长度最大达6cm，尾长可达躯干长的2~3倍，背部以棕色为主，鳞片有明显突起。鬣蜥的种类较多，身体表面有齿状的鳞片，背部有刺状突起。有些种类的鬣蜥喉部长有一个气囊袋。变色龙的皮肤会根据周围环境变化而改变体色，有超出体长的舌头和利于攀援的脚掌和尾巴。石龙子是在蜥蜴类动物中最广为人知的一种，身体很长，呈圆筒形，鼻尖，尾长，鳞细且平滑，腿很小到几乎看不到。丽纹龙蜥体型中等，性格活跃，适应性强。壁虎种类繁多，体型特征有较大差异。大多体型较小，身体扁平，四肢短，眼睛大而突出但不能闭合，脚趾顶端长有数百万根绒毛般的细纤毛，并以数千根为一组，使得其脚趾具有很大的吸附力，从而使其擅长攀爬。