两者主要有以下区别：
时间不同
三九灸是每年三九天的时候进行，此时天气是最寒冷的；而三伏灸是在每年夏天最炎热的三伏天使用，这段时间是一年中最热的时候。
原理不同
三九灸选择在冬季三九天时候进行，通过中药药物贴敷在特定治疗作用的穴位上，达到祛除疾病的目的；而三伏灸依据中医学“冬病夏治”“春夏养阳”等理论，以经络腧穴理论为基础，通过对经络腧穴的进行温热刺激，起到温经通络、散寒祛湿的作用。
作用不同
三九灸以辛温药物敷贴特定穴位，具有一定温阳益气、健脾益肺以及祛风散寒等作用；三伏灸在夏天治疗冬天好发的疾病，可以预防和减少病症在冬季发作，具有很好的祛湿、温补脾肾、升阳等作用。