在进行管理流程设计过程中，主要遵循以下三点原则：
1. 以部门职能为导向，提高职能部门的支持力度随着企业规模不断扩大，理念不断更新，公司的经营策略也会发生根本性的变化。在企业发展的不同阶段，公司要求职能部门为其他业务部门提供的支持也会发生转变。每个职能部门只有充分把握自身的职能范围，才可以对流程做更进一步的规划、设计、改进和优化，最大限度地为业务部门提供支持。
2. 从改进可行性和改进潜力两维度确定流程优化的优先顺序，流程再造不能全线出击，必须对整体流程框架进行全面分析，选择改进可行性和改进潜力，同时具备的流程进行优先再造。一些关键性的职能和流程的建立可以迅速为企业带来明显的改观，而集中精力对某几个流程或某几个制度进行推行可以增强改革的力度，减少改革的阻力，增进流程优化的效果。
3. 管理流程设计和优化需要相关制度的支持，如国家保障制度等。