华东理工大学的生物工程专业专业创建于1955年，当时的专业名称为“抗菌素制造工学”。它为中国抗生素工业从无到有、由弱变强、遍地开花作出了划时代的贡献。
专业现有生物化工、发酵工程2个博士点，发酵工程、生物化工、微生物学、微生物与生化药学4个硕士点。现有教职工71名，其中长江学者1名，教授10名，副教授25名。
专业拥有生物反应器工程国家重点实验室和国家生化工程技术研究中心，2001年被列入上海市重点学科，2002年被批准为国家重点学科。本专业教师承担国家自然科学基金、国家攻关、“863攻关”及上海市科委的重大科技攻关项目，并取得了国家科技进步奖、上海市科技进步奖等多项成果。