开车闯红灯发生交通事故后，保险公司是否赔偿，可以先确定保险公司的免责条款。
车主发生道路交通事故，造成受害人的财产损失，有以下情形保险公司不承担赔偿责任：
1. 驾驶人未取得驾驶资格，或者醉酒肇事的。
2. 被保险机动车被盗抢期间肇事的。并且，这种情况下，原车主不承担赔偿责任，应该由直接的肇事者进行赔偿。
3. 被保险人故意制造道路交通事故的。比如为骗取保险金，故意制造交通事故，那么一旦被认定为故意，也将不能予以理赔。
所以，根据以上，车主闯红灯违章发生车祸并不是保险公司免责的法定事由，一般来说，车主发生交通事故，在交强险限额内就由保险公司承担。
超出交强险限额，双方按各自责任大小承担。双方承担赔偿后，再向商业保险公司理赔。
【法律依据】
《道路交通安全法》第九十条规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者20元以上200元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。