酸奶发酵主要通过保加利亚乳杆菌，双歧杆菌，嗜热链球菌，干酪乳杆菌四种菌类：
1. 保加利亚乳杆菌，保加利亚酸奶中的乳酸菌，在分类上属于乳酸杆菌，因其菌种产地、微生物特性、效能优异等特点，被微生物学家命名为德氏乳杆菌保加利亚亚种。
2. 双歧杆菌，双歧杆菌是一种重要的肠道有益微生物是生理性有益菌。
3. 嗜热链球菌，嗜热链球菌是制作酸奶的必需材料，能帮助乳糖不耐受的人们消化乳糖，可以产生乳糖酶。
4. 干酪乳杆菌，干酪乳杆菌具有良好的耐酸及胆汁抗性，可降低血浆胆固醇，增强宿主对微生物病原体的非特异性抵抗力，加快清除肠道内病原体，从而防止食物过敏和急性腹泻。