1. 阴凉通风处。剥开的菠萝蜜，菠萝包包上保鲜膜，然后放在纸盒或是竹筐中，内衬蕉叶或竹叶，也可以用碎纸，然后存放在阴凉通风处，存放温度注意保持在11-13度左右的样子，湿度85～95%条件下，这种可以保存5到7天左右。当然，在5天内吃完是最好的，温度太高的话，5天后容易发酵。
2. 保鲜膜冷藏。将剥开的菠萝蜜的菠萝包裹上保鲜膜，放在冰箱冷藏室里，这种可以保存五天左右。但一般建议放冰箱冷藏两三天足以，不然影响口感。
3. 加工成菠萝蜜干。吃不完的菠萝蜜还可以直接通过加工做成果干，用烤箱或者微波炉，小火慢烤，中途翻面，逐渐烘干水分即可，这样加工出的菠萝蜜干，可以放很久的。