1. 企业违法生产、加工食品：食品行业部分企业，违法使用食品添加剂和非食品原料生产加工食品，掺假制假。
2. 食品安全标准体系滞后：我国的食品标准，无论与食品安全形势的实际需求，还是与国际食品安全基本标准相比，还有较大差距。
3. 检测水平低，不能满足当前需要：食品安全检验检测机构稀缺，影响了食品安全的监督力度和震慑威力。
4. 食品流通环节经营秩序不规范：一是众多的食品经营企业小而乱，溯源管理难，分级包装水平低，甚至违法使用不合格包装物。二是有些企业在食品收购、储藏和运输过程中，过量使用防腐剂、保鲜剂。三是部分经营者销售假冒伪劣食品、变质食品。
5. 食品安全保障队伍素质有待提高：食品生产、经营与管理机构中，懂得食品安全专业知识的技术人员极其匮乏，无法对与食品安全技术有关的法规、标准的制定提供科学依据，缺乏监测网络和实验室分析手段。