发票已抵扣不能证明货款无误，虽然根据我国对增值税专用发票管理的有关规定，增值税专用发票的出票和抵扣应以真实的交易行为为基础，但是在现实的商业活动中，市场环境的情况较为复杂，“先票后款”、“先票后货的情形大量存在，甚至发生真实交易而虚开发票的情况也较为普遍，买方在未收到货物的情况下抵扣增值税发票，一方面是为企业增加收益，另一方面是因为增值税发票的抵扣有一定的期限，此行为并不足以推定买方已收到货物。
故卖方出票和买方抵扣事实仅对买卖双方是否履行交付义务起到间接证明的证据作用，必须有其他证据共同形成证据链的情况下才能予以认定，根据双方协议中的约定不能排除行先票后货的情形，且原告并无其他有效证据相印证的情况下，不能证明甲公司已履行了第二批货的供货义务。