全额预算：指将单位的财务收支全部纳入国家预算，即单位的收入全部上交财政，支出全部由财政拨款，这种管理办法适用于没有收入或收入很少的事业单位。
差额预算：指单位首先用自己的收入抵补支出，收不抵支的差额部分再纳入国家预算，由财政拨款弥补，这种管办法适用于有经常性业务收入但仍收不抵支的事业单位。
全额预算管理的事业单位是其所需的事业经费全部由国家预算拨款的一种管理形式。这种管理形式，一般适用于没有收入或收入不稳定的事业单位，如学校、科研单位、卫生防疫、工商管理等事业单位，即人员费用、公用费用都要由国家财政提供。有利于国家对事业单位的收入进行全面的管理和监督。
差额预算管理的事业单位是一部分非营利性机构（如医疗卫生机构），差额拨款单位的人员费用由国家财政拨款，其他费用自筹。实行工资总额包干或其他符合自身特点的管理办法，促使其逐步减少国家财政拨款，向经费自收自支过渡。