绝大多数转基因作物能正常留种，如转基因大豆、转基因棉花、转基因玉米等一年生作物，这些作物目前还是以种子繁殖成本最低，这一类作物假设不能留种，那就要年年制种，并且每一株都要进行一次转基因，成本极高，恐怕千万元一亩地还收不回成本，天底下没有人会蠢到这个地步！
但有一些转基因植物是不能留种的，如转基因毛白杨这样的多年生木本植物，原因是毛白杨可以无性繁殖，不需要留种。将转基因毛白杨进行三倍体处理后，将不能产生花粉，可以有效防止目标基因随花粉传播到其他同种植物上，这样做是有好处的。
转基因大豆比非转基因大豆发芽更整齐！