统一管理水上安全和防止船舶污染。
监督管理船舶所有人安全生产条件和水运企业安全管理体系；调查、处理水上交通事故、船舶污染事故及水上交通违法案件。
负责船舶、海上设施检验行业管理以及船舶适航和船舶技术管理；管理船舶及海上设施法定检验、发证工作；审定船舶检验机构和验船师资质、审批外国验船组织在华设立代表机构并进行监督管理。
负责船员、引航员适任资格培训、考试、发征管理。
审核和监督管理船员、引航员培训机构资质及其质量体系；负责海员证件的管理工作。
管理通航秩序、通航环境。
负责禁航区、航道、交通管制区、港外锚地和安全作业区等水域的划定。