1. 会计核算的基础不同：
事业单位会计根据单位实际情况，分别采用收付实现制和权责发生制为会计核算基础，企业会计均以权责发生制为会计核算基础。
2. 会计要素构成不同：
事业单位会计要素分为五大类：即资产、负债、净资产、收入和支出。
企业会计要素分为六大类：即资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润，即使相同名称的会计要素，其内容在预算会计与企业会计上也存在较大差异。
3. 会计平衡原理不同：
事业单位会计的会计等式为：资产等于负债加净资产。
企业会计的会计等式为：资产等于负债加所有者权益。
4. 会计核算内容及方法有其特殊性。