滋生细菌
焖烧杯中适宜的温度和湿度容易引起细菌滋生，放置时间过长，食用之后容易引起胃肠道功能失调，从而加重人体的胃肠道负担，导致腹痛、腹泻以及便溏等不适症状的发生，不利于人体健康。
不能保证将食物煮熟
物理上热力学定律说能量是守恒的，热量只能自发的从高温物体传到低温物体，在焖烧杯上的呈现就是，即便不考虑不能避免的散热问题，将食物煮熟的能量也只能来自外来因素，由于没有外部热源，而且随着食材温度升高，热水温度降低，是不能保证食物被完全煮熟的。
营养损失多
将食物放在焖烧杯中的时间过长，那么是很容易导致食物中的营养物质损失掉的，从而可能会降低食物的营养价值以及食用价值，因此焖烧杯中的食物不要防止太长的时间。