1. 他们对于知识的记录内容要求不同。知识树记录的为课程知识或是简化的内容，需要记录大量的文字信息。而作为思维导图的发展是有一个中心的主题或知识点开始，向四周放射性扩展和记录所有的与中心主题或知识点，及其相关的内容的关键词，以及图片图表等等。
2. 知识树在人的大脑的思维模式上，属于线性思维。整个的知识架构偏向一个方向发展，知识架构的样式如同一个树的剖面图。也正是因为如此人们把这种知识加构成做知识树。思维导图整个图形呈放射性结构，符合大脑的放射性思维模式，它更加的符合大脑神经细胞的生理结构。
3. 知识树在大脑潜能开发方面，并没有什么特别的地方。思维导图是全脑开发，除了左脑的语言文字、逻辑关系、词汇、数字等，同时也使用的右脑的色彩、图像、符号、韵律、节奏等。对大脑的潜能的开发起到了积极有效的促进作用。
4. 知识树的表现形式，样式比较单一。思维导图，不同的人绘制的思维导图不同。