根据样品的物理和化学性质不同，选择合适的使用方式进行检测，易挥发的极性较弱的物质可使用气相色谱仪，其他物质可使用高效液相色谱仪，所以，高效液相色谱仪的使用范围更加宽泛一些，且高效液相色谱仪根据流动相和固定相的极性不同，也还分为正相和反相两种，其中正相色谱的固定相极性大于流动相的极性，对样品的洗脱顺序为极性越强的物质出峰越晚，反相色谱的固定相极性要弱于流动相的极性，对样品的洗脱顺序为极性越强的物质出峰越早。
另，色谱测试中，仪器系统中压力的大小、检测器的类型、延迟体积的大小、色谱柱的类型和填料的规格、流动相的配比等因素，都会影响到色谱分离的效果，从而影响测试的效率。