二套房公积金贷款首付比例一般在40%以上，但不同城市的规定会有一定差异。
1. 根据《北京市公积金管理条例》，第二套住房首付比例不得低于70%。也就是说，北京的二套房公积金可以拿到30%的贷款和70%的首付。
2.在上海购买第二套改善住房，公积金贷款首付比例不低于50%，购买非普通住房贷款首付比例不低于70%。
3.在深圳无住房但有商品房贷款记录或公积金住房贷款记录的购房者，贷款首付比例不低于50%；购房者家庭在本市拥有房屋的，贷款首付比例不得低于50%。低于 70%。
4. 广州市，有住房且无抵押记录，或已结清住房抵押贷款的，第二套住房首付比例不低于50%。如果有一套房且贷款尚未结清，不分地域，在申请第二套房公积金贷款时，首付比例要求不低于70%。