豆浆机最难清洁的部分是过滤网和机头。清洁过滤器时，最好使用较软的刷子和干净的水。如果过滤网上挂有很多豆腐脑样残留物，则不能用清水洗涤，可以取一盆水，加入少量盐，然后将过滤器浸入其中，等待十分钟后再擦洗。清洁机头时，只能用水冲洗机头的下部。请勿将机头浸入水中或用水冲洗机头的上部，否则很容易损坏电路并影响正常使用。
最好在制作豆浆后立即清洗豆浆机，以免在豆浆冷却并固化后增加清洗难度。清洁之前，请先拔下插头，以免带电操作。然后取出机头，刀片，滤网和加热管，并分别进行清洁。清洁后，应打开豆浆机的盖子，使其干燥1至2个小时。水分完全蒸发后，将零件重新组装到豆浆机中，以避免再次使用时因水分和其他原因而造成的泄漏或短路。